Pada Tahun 1973 badan Pendapatan Daerah merupaka Subseksi pendapatan daerah yang bernaung dibawah bagian Keuangan  Sekretaris Daerah tingkat II Teluk Cenderawasih (SK Bupati Nomor 1 KPTR/BUP/BRI/1973.)

Dengan menyadari semakin pentingnya peranan Pendapatan Daerah yang dari tahun ke tahun terhadap kontribusi APBD dan peningkatan pelayanan kepada masyarakat maka dirasakan perlu melakukan pengembangan organisasi Dinas Pendapatan Daerah Berdasarkan Peraturan Daerah. Dinas Pendapatan Daerah Tingkat II Biak Numfor Berdasarkan Peraturan Daerah Nomor : 2 Tahun 1989  dengan pedoman pada SK Mendagri Nomor: 061.1/1861/Poud dan SK Bupati Kepala Daerah Tingkat II Biak Numfor Nomor : 117/1989, tanggal 14 November 1989. Organisasi dan tata kerja Dinas Pendapatan Daerah Tingkat II Biak Numfor Lebih disempurnakan. 

Seiring berjalanya waktu dan dengan adanya perubahan dan regulasi yang ada dari pemerintah pusat dan daerah  Dinas Pendapatan Daerah Pada Tahun 2017 Berganti Nama Menjadi Badan Pengelolah Pajak dan Retribusi Daerah, Pada Tahun 2018  Badan Pengelolah Pajak dan Retribusi Daerah berubah status Menjadi Bidang Pendpatan Daerah dibawah  Badan Pengelola keuangan dan Aset Darah (BPKAD), dan Pada Tahun 2020  secara resmi menjadi Badan Pendapatan Daerah  Kabupaten Biak Numfor, hingga sekarang.